если сдаете физ.лицу, то можете написать часть суммы, а если юр.лицо арендовало квартиру для сотрудника, то нужно полностью указывать столько сколько юр.лицо заплатило вам, им же нужно всю сумму по бухгалтерии проводить. Можете конечно юр.лицу сдавать без учета коммуналки, а ее будет тогда оплачивать их сотрудник который живет из своих денег, но зачем ему это нужно? Лучше поднять сумму платежа на сумму налогов по коммуналке.